碳中和研究所于2021年11月由学校批准成立。下设总体规划、绿色建筑、能源技术、碳交易/碳金融、机械与电气、信息技术、环境与资源、低碳生活、GIS/BIM等九个研究室，一个运维服务中心。
研究所特聘请湖北省新能源公司、国防科大系统工程学院、零碳谷（河北）能源科技有限公司、联想集团等单位的专家教授作为研究所专家顾问委员会成员。
研究所的宗旨是：拥抱人类绿色健康永续发展的共同心愿，打造碳中和应用研究领先品牌， 建立驱动多学科专业发展的引擎，筑就碳中和工程应用优秀人才成长的高地。
研究所的发展目标是：
1、碳中和应用人才培养在质量和数量上凸显耿丹学院特色优势；
2、拥有一支一流的碳中和应用工程建设团队；
3、成为耿丹学院重要的科研和教学实践基地；
4、为耿丹学院创造良好的经济效益和社会效益。
首批加入碳中和研究所的师生涉及耿丹学院23个专业近200名师生，目前，耿丹校园一期工程包括碳中和大数据驾驶舱、光伏发电/储电/充电、节能游泳馆、综合楼灯光节能改造、中温太阳能光热系统、大学生碳中和演艺团等六个专项正在按计划有序进行。